Библиотека Рефераты Курсовые Дипломы Поиск

сделать стартовой

добавить в избранное

Биология

Взаимодействия белков с РНК – структурный компьютерный анализ

Ночник-проектор "Звездное небо, планеты", черный.
Оригинальный светильник-ночник-проектор. Корпус поворачивается от руки. Источник света: 1) Лампочка (от карманных фанариков); 2) Три
350 руб
Раздел: Ночники

Пакеты с замком "Extra зиплок" (гриппер), комплект 100 штук (150x200 мм).
Быстрозакрывающиеся пакеты с замком "зиплок" предназначены для упаковки мелких предметов, фотографий, медицинских препаратов и
148 руб
Раздел: Гермоупаковка

Чашка "Неваляшка".
Ваши дети во время приёма пищи вечно проливают что-то на ковёр и пол, пачкают руки, а Вы потом тратите уйму времени на выведение пятен с
222 руб
Раздел: Тарелки

Курсовая работа Выполнила студентка 4 курса, 541 группы Ревтович Светлана Самарский Государственный Университет Самара 2001 Введение 1. Обзор литературы 1.1. Отличия ДНК-белковых от РНК-белковых взаимодействий Двойная спираль ДНК – это регулярная структура, в которой наиболее существенные отличия между соседними участками заключены в последовательности пар оснований. В обоих желобках специфический сайт ДНК для узнавания белком может быть сформирован сетью водородных связей между основаниями нуклеотидов. Большой желобок спирали ДНК доступнее для контакта, что создаёт возможность для дискриминации последовательностей в нём . Основанный на этом предположении механизм узнавания «прямым считыванием» был подтверждён для многих ДНК-связывающих белков. Также было отмечено потенциальное значение и «непрямого считывания». Некоторые последовательности ДНК могут иметь изменения в конформации сахаро-фосфатного остова или даже быть деформированы в необычные структуры. В таком случае специфичность связывания может определяться контактами белка с остовом ДНК . Индуцированные белком нарушения структуры ДНК довольно обычны и могут варьировать по форме от небольших изгибов, как в сайте нуклеазы EcoRI, до больших изгибов и выведения оснований из стэкинга, как в комплексе с ТАТА-связывающим белком . Механизм «прямого считывания» предполагает, что ДНК-белковыми контактами, определяющими специфичность связывания, являются водородные связи с основаниями и гидрофобные контакты с тиминовыми метилами, в то время как энергия неспецифического связывания обеспечивается ионными и водородными связями с сахаро-фосфатным остовом. В «непрямом считывании» могут принимать участие и другие виды взаимодействий, например, в комплексе с ТАТА-связывающим белком ДНК контактирует с гидрофобной белковой поверхностью и ароматические аминокислоты интеркалируются в спираль ДНК . Молекулы РНК отличаются от ДНК несколькими особенностями, которые влияют на возможности белкового узнавания. Во-первых, в РНК участки Уотсон-Криковских спиралей часто прерываются выпячиваниями, внутренними петлями и шпильками. Исследования часто встречающихся «четырёхнуклеотидных» шпилек и консервативных внутренних и шпилечных петель рибосомной РНК, методами ЯМР и рентгеноструктурного анализа выявили специфические нерегулярные структуры, содержащие неканонические пары и выпячивания. Во-вторых, спирали РНК достаточно короткие, обычно меньше полного оборота, и имеют А-форму, отличную от В-формы ДНК. А-форма спирали имеет очень глубокий и узкий большой желобок, что создаёт стерические затруднения для взаимодействия с белками. Однако прилегающий к нерегулярным участкам большой желобок может быть доступен для связывания . Следствием этих отличий является то, что белки оказываются перед значительно большим разнообразием водородных связей и возможностей стэкинга нуклеотидов в случае РНК, чем это возможно в стандартной спирали ДНК. Дополнительной и весьма важной особенностью РНК является возможность «третичных» взаимодействий, которые могут соединять различные участки РНК и создавать сложные структуры.

Классическими примерами являются соединение спиралей тРНК в «L-образную» молекулу, обнаруженная в интронах группы I «аденозиновая платформа», открывающая спираль РНК для стэкинга с другой спиралью РНК , и структура двух взаимодействующих петлями транскриптов R A I и R A II плазмиды ColE1, так называемый «kissi g» комплекс . Тот факт, что благодаря вторичным и третичным взаимодействиям может быть создана уникальная структура РНК, повышает вероятность специфического взаимодействия белков только с сахаро-фосфатным остовом. Эта ситуация может быть крайним случаем «непрямого считывания», когда основания нуклеотидов обеспечивают белковое узнавание только определением общей конформации РНК, а не прямыми контактами с белком. Таким образом, искажение регулярной структуры нуклеиновой кислоты, по всей видимости, более важно для узнавания РНК, чем для ДНК. Спираль ДНК довольно стабильная структура, в то время как неспаренные нуклеотиды и петли дестабилизируют структуру РНК. Комбинация богатого выбора нерегулярных структур в РНК и возможности деформации её структуры позволяют предположить, что РНК-связывающие белки будут использовать более широкий выбор стратегий связывания, чем ДНК-связывающие белки, и что механизм узнавания «непрямым считыванием» будет среди них более широко распространён. 1.2. Ранние представления об РНК-белковых взаимодействиях 1.2.1. РНК-связывающие структурные мотивы в белках Изучение свойств РНК-связывающих белков привело к обнаружению в этих белках ряда и консервативных мотивов. Их открытие позволило начать классификацию РНК-связывающих белков, исходя из их структурных особенностей, а также предсказывать РНК-связывающие свойства белков . В настоящее время выделяют следующие основные мотивы: РНП (ribo ucleopro ei ) мотив - наиболее распространён, состоит из двух коротких последовательностей РНП1 (октамер) и РНП2, разделённых примерно 30 аминокислотами . S1 мотив – в состав входит пять антипараллельных b-тяжей. Ряд консервативных ароматических и заряженных аминокислот, расположенных в петле между тяжами b1 и b2, в середине b2, в конце b3 и в повороте между b4 и b5 находятся поблизости друг от друга и, вероятно, формируют РНК-связывающий участок домена . Домен холодового шока – состоит из пяти b-тяжей с РНП-последовательностью, расположенной в одном из тяжей и структурно очень схож с S1 мотивом . КН мотив – содержит стабильную baabba структуру. Точная роль мотива в РНК-связывании неизвестна. Мотив DSRM – имеет abbba топологию. Возможный участок связывания находится в петле между b-тяжем и С-концевой a-спиралью . RGG мотив – содержит 20-25 аминокислот и обычно имеется в комбинации с РНК-связывающими мотивами других типов. Он состоит из близкорасположенных поворотов Arg-Gly-Gly (RGG), расположенных среди других, часто ароматических аминокислот . Мотив ARM – состоит из 10-20 аминокислот с большим количеством аргинонов. Встречается в вирусных и фаговых белках. Домены с «цинковыми пальцами» - содержит последовательности СХ4СХ12НХ3-4Н и соответствующее число ионов цинка, связанные цистеинами и гистидинами . Другие РНК-связывающие мотивы.

Существует ряд других консервативных последовательностей, не имеющих гомологии с уже перечисленными мотивами. Например, мотив белка-аттенюатора триптофанового оперона из B.sub ilis. . 1.2.2. Взаимодействия белков с тРНК Вопрос о том, как аминоацил-тРНК-синтетазы достигают высокой специфичности в узнавании тРНК, вероятно, был одним из первых серьёзно изучаемых вопросов в проблеме РНК-белковых взаимодействий. Чтобы взаимодействовать со всеми компонентами трансляционного аппарата, все тРНК должны иметь достаточно схожую трёхмерную структуру, что значительно затрудняет для каждой из 20 синтетаз выбор своих изоакцепторных тРНК из пула тРНК клетки. В связи с этим, возможности к дискриминации весьма ограничены и, в основном, сведены к узнаванию нуклеотидов в специфических позициях. К настоящему времени определены элементы узнавания для 19 из 20 синтетаз. Оказалось, что они неодинаковы для разных синтетаз. Большинство этих ферментов узнаёт одну или более из трёх следующих детерминант: по меньшей мере, один нуклеотид в антикодоне; одну или более из последних трёх пар нуклеотидов акцепторного стебля; так называемое «дискриминаторное» основание между акцепторным стеблем и ССА концом. Кроме того, по крайней мере, 8 синтетаз используют и другие отличительные признаки. Элемент узнавания может влиять на специфичность аминоацилирования тРНК, потому что он узнаётся «правильной» синтетазой (позитивный элемент) или потому что предотвращает взаимодействие с «не своей» синтетазой (негативный элемент). Негативный элемент может маскировать присутствие позитивных элементов . Яркой иллюстрацией этого факта являются наборы из трёх элементов специфичности около ССА конца тРНК для аланина, гистидина и глицина. Каждая детерминанта является позитивным элементом для одной или двух синтетаз и негативным для остальных . Несмотря на выполнение одной и той же реакции аминоацилирования, синтетазы могут осуществлять различное связывание с субстратом реакции – тРНК, причём элементы узнавания тРНК не всегда являются уникальными, а могут иметь структурное сходство с другими классами белков. 1.2.3. Взаимодействия белков с матричными РНК Механизм мРНК-белковых узнаваний является, пожалуй, наименее изученным вопросом в проблеме РНК-белковых взаимодействий, в виду отсутствия структур, решённых с достаточно высоким разрешением (исключение - комплекс L30-мРНК). Однако, опираясь на данные полученные методом ядерного магнитного резонанса было сделано предположение, что основную роль в процессе мРНК-белкового узнавания играют приведённые ранее консервативные мотивы. Например, R P1 и R P2 (белок U1A), домен холодового шока и гидрофильный С-концевой домен с чередующимися кластерами отрицательно и положительно заряженных аминокислотных остатков (Y-box-белки). 1.2.4. Взаимодействия белков с рРНК Взаимодействия белков с рРНК очень сильно отличаются от взаимодействий белков с ДНК и тРНК. Места связывания белков на ДНК и тРНК характерны наличием специфической эволюционно консервативной последовательности нуклеотидов, замена которых приводит к сильному ослаблению или исчезновению взаимодействий .

Предметный, функциональный и исторический аспекты системного подхода требуют реализации в единстве таких принципов исследования, как историзм, конкретность, учет всесторонних связей и развития. Системный подход предполагает построение структурных и функциональных моделей, имитирующих исследуемые процессы как системы, позволяет получить знание о закономерностях их функционирования и принципах эффективной организации. Эвристические и практикопреобразующие возможности системного подхода в исследовании образования как педагогического процесса обнаруживают себя при обращении к категориям «педагогическая система», «целостность» и «взаимодействие». Педагогическая система на уровне структурно-функционального анализа может быть представлена совокупностью взаимосвязанных компонентов: субъекты педагогического процесса, содержание образования (общая, базовая и профессиональная культура) и материальная база (средства). Их органичное взаимосвязанное движение, направляемое целью, порождает педагогический процесс как динамическую систему

1. Мода на «компьютерный анализ»

2. Структурно-временной анализ урока по физической культуре

3. Использование компьютерных программ для анализа финансового состояния организации

4. Структурный анализ психологии масс

5. Использование компьютерных программ для анализа финансового состояния организации

6. Преступления в сфере компьютерной информации : криминологический анализ личности преступника

8. Анализ внешней среды и выработка стратегии взаимодействия

9. Синтез ДНК, РНК и белков

10. Анализ машиночитаемых документов компьютерными средствами

11. Анализ структурных подразделений банка

12. Преступления в сфере компьютерной информации: уголовно-правовой и криминологический анализ

13. Анализ системы компьютерного оборудования

14. Анализ динамических свойств системы автоматического управления заданной структурной схемы

15. Анализ по менеджменту на примере компьютерного клуба ООО "Arsenal Club"

16. Структурный анализ отраслей

Фоторамка Crystocraft "Бабочка", 10x19 см.
Цвет: золотистый. Материал: сталь. Размер: 10x19 см. Товар не подлежит обязательной сертификации.
383 руб
Раздел: Прочие

Набор перьев для каллиграфии, 5 штук.
В наборе: 5 перьев (для рисования, орнамента, плаката, шрифта и перо с круглым острием).
442 руб
Раздел: Прочее

Настольная игра "Для тебя".
Романтическая игра для влюбленной пары. Игроки получают по конверту с 15 заданиями. Каждое из них — это сюрприз для второй половины — фант
590 руб
Раздел: Игры для взрослых (18+)

17. Структурный анализ системы

18. Компьютерные модели оценки и анализа рисков

19. Гравитационные взаимодействия

20. Анализ устойчивости и поддержание орбитальной структуры космической системы связи

21. Анализ медико-биологических данных с использованием Excel и СПП STADIA

22. Синтез белка

23. How "DNA" testing works Анализ "ДНК" как проверяющие работы)

24. Функции белков в организме

25. Анализ повадок отряда ДЯТЛООБРАЗНЫЕ - Piciformes семейства ДЯТЛОВЫЕ – Picidae

26. Белки

27. Cинтез белка

28. Социально-политический анализ Военной доктрины Российской Федерации

29. США: современный уровень социально-экономического развития. Характеристика современного состояния, анализ причин, перспективы развития

30. Историко-географический анализ изменений политической карты России за прошедшее столетие

31. Анализ демографической ситуации Ивановской области

32. Комплексный анализ современных ландшафтов и их эволюции на территории Катангского плато

Деревянная игрушка "Металлофон".
Каждая нота на металлофоне имеет свой цвет. Ударяя по разным пластинкам палочкой, ребенок извлекает разные звуки, складывает их в ритмы и
339 руб
Раздел: Ксилофоны, металлофоны

Глобус Земли, физико-политический, рельефный с подсветкой, 250 мм.
Глобус Земли физико-политический, с подсветкой, работает от сети. На карту глобуса нанесены страны мира, названия городов и другая
908 руб
Раздел: Глобусы

Средство для умягчения воды Calgon "2 в 1" (1,6 кг).
Эффективно смягчает воду и предотвращает образование накипи, защищая все важные детали вашей стиральной машины. С Calgon ваша стиральная
573 руб
Раздел: Для очистки стиральных машин

33. Структурная геология один из вариантов

34. Анализ бюджетного дефицита за 1990-1996 годы

35. Анализ регулирования и финансирования бюджетного дефицита с 1985 и по наши дни

36. Отчёт о прохождении преддипломной практики в Управлении по взаимодействию с органами законодательной и исполнительной власти (УВОЗИВ) ГТК России

37. Анализ проблем возмещения ущерба, причиненного незаконными действиями государственных органов

38. Социально-экономическое развитие России в начале XX в. Реформы Витте и Столыпина (сравнительный анализ)

39. Анализ Конституции США и ее сравнение с Конституцией РФ 1993 года

40. Правительство в Российской Федерации и зарубежных странах. Сравнительный анализ

41. Сравнительный анализ конституции России и США

42. Сравнительный анализ социально-экономических прав, свобод и обязанностей в конституциях Китая и Испании

43. Федеральная резервная система и политика НацБанка РБ: сравнительный анализ

44. Взаимодействие Конгресса и Президента в США

45. Местное самоуправление в Украине (историко-правовой анализ)

46. Системы органов государственной власти субъектов РФ и штатов Индии (сравнительный анализ)

47. Способы формирования муниципальной собственности: правовое регулирование и сравнительный анализ

48. Анализ Закона РФ N1992-1 "О налоге на добавленную стоимость"

Карандаши цветные "Замок", 60 цветов.
Яркие, насыщенные цвета. Отстирываются с большинства обычных тканей. Специальная технология вклеивания (SV) предотвращает поломку
1510 руб
Раздел: Более 24 цветов

Подставка для колец Zoola "Кролик", хром.
Серия стильных и функциональных держателей для украшений от Umbra. Они предназначены как для хранения украшений, так и общего декора
590 руб
Раздел: Подставки для украшений

Подгузники Moony, 6-11 кг, экономичная упаковка, 62 штуки.
Максимально удобны и просты в применении. "Дышащая поверхность" подгузников обеспечивает доступ воздуха к коже ребенка, а
1423 руб
Раздел: 6-10 кг

49. Налог на прибыль. Анализ изменений налогообложения прибыли в связи с введением в действие главы 25 НК РФ "Налог на прибыль организаций"

50. Анализ современных моделей реформирования налоговой системы

51. Учет и анализ расчетов с персоналом по оплате труда в организации

52. Сравнительный анализ конструкции трудового договора Украины, России и стран с развитой рыночной экономикой

53. Учет и анализ расчетов с персоналом по оплате труда в организации

54. Анализ стихотворения John Donne

57. Фразеологический анализ ФЕ с компонентом-соматизмом Mund/рот в немецком и русском языках

58. Структурно - семантические особеннности спортивной фразеологии современного английского языка

59. Лексико-семантический анализ современных англоязычных рекламных слоганов

60. Сравнительный анализ отечественной и зарубежной системы книгораспространения

61. Сравнительный анализ портретов Ф.И Шаляпина. Работы Б.М Кустодиева и К.А Коровина

62. ТВ драматургия "Анализ книги Ю.М. Лотмана "Семиотика кино и проблемы киноэстетики"", "Проблема знаков"

63. История развития музыкальной культуры Хакасии (ее взаимодействие и взаимообогащение с русской музыкальной культурой)

64. Взаимодействие человека и природы

Фоторамка на 9 фотографий С31-019 Alparaisa "Family", черно-золоченое золото, 61,5x54,5 см.
Размеры рамки: 61,5x54,5 cм. Размеры фото: - 10х15 см (4 штуки), - 15х10 см (5 штук). Фоторамка-коллаж для 9-ти фотографий. Материал:
882 руб
Раздел: Мультирамки

Фоторамка-коллаж для 6 фото, 46x32 см, арт. 37943.
Фоторамка украсит интерьер помещения оригинальным образом и позволит сохранить на память изображения дорогих вам людей и интересных
608 руб
Раздел: Мультирамки

Пароварка-блендер Happy Baby "Fusion".
Малыш растёт, и вскоре грудного молока уже становится недостаточно для полноценного питания растущего организма, которому требуются
3899 руб
Раздел: Блендеры

65. Субкультура компьютерного андеграунда

66. Анализ новгородской иконы "Спас нерукотворный"

67. Анализ стихотворения А.С.Пушкина "Элегия"

68. Анализ авторской пунктуации в художественном тексте

69. Анализ романа "Преступление и наказание" Ф.М.Достоевского

70. Анализ акцента литовца при произнесении русского текста

73. Анализ стихотворения А.С. Пушкина "Фонтану Бахчисарайского дворца"

74. Анализ стихотворения Владимира Маяковского "Послушайте!"

75. Арбузов: биография, анализ творчества, пьеса "Иркутская история"

76. Компьютерный жаргон

77. Пушкин А.С. "Каменный гость" (Литературоведческий анализ одной из маленьких трагедий)

78. Сопоставительный анализ стихотворений А.С. Пушкина "Я помню чудное мгновенье..." и Ф.И. Тютчева "Я встретил Вас - и все былое..."

79. Схема анализа литературно-художественного произведения

80. Анализ стихотворения Тютчева "Я Встретил Вас и всё былое"

Экспресс-скульптор "Эврика", большой.
Настоящее искусство в Ваших руках! Экспресс-скульптор - это не только стимулятор творческих способностей, но и точечный
943 руб
Раздел: Антистрессы

Коврик для ванной "Kamalak Tekstil", 60x100 см (коричневый).
Ковры-паласы выполнены из полипропилена. Ковры обладают хорошими показателями теплостойкости и шумоизоляции. Являются гипоаллергенными. За
562 руб
Раздел: Коврики

Развивающая настольная игра "Хронолёт", новая версия.
Выполняя разные интересные и забавные дела, игроки будут перемещаться по игровому полю-циферблату. Задача игроков — выполнить как можно
1024 руб
Раздел: Классические игры

81. Сопоставительный анализ употребления перформативных глаголов в русском и английском языках

82. Анализ стихотворения А.А. Блока "Плачет ребенок. Под лунным серпом ..."

83. Анализ стихотворений Ахматовой

84. Сопоставительный анализ фразеологических единиц с компонентом “mund”/”рот” в немецком и русском языках

85. Анализ стихотворения А.С.Пушкина "Элегия"

89. Сопоставительный анализ стихотворений Мандельштама "Заблудился я в небе - что делать?..."

90. Перевод и анализ стихотворения Эдгара По "Fairy Land"

91. Анализ формы и средств выразительности хора № 19 "Гроза" из оратории Йозефа Гайдна "Времена года"

92. Гармонический анализ "Новеллетты" F-dur ор.21 №1 Р. Шумана

93. Анализ деятельности Александра Невского в период раннего средневековья Руси

94. Россия на окраине Европы. Исторический анализ событий и времен начала 20-го века

95. Конвертер программы с подмножества языка Си в Паскаль с использованием LL(1) метода синтаксического анализа (выражения)

96. Методы компьютерной обработки статистических данных. Проверка однородности двух выборок

Настольная игра "Свинтус. Правила Этикета" (новая версия).
Об игре Перед вами расширенная версия карточного бестселлера «Свинтус»! Помимо полного набора карт из оригинала, в игру добавлены новые 12
390 руб
Раздел: Игры в дорогу

Мозаика-чемодан со схемами "Мозайкин".
Состав набора: игровое поле, 16 картинок, 48 деталей мозаики. Размер поля: 28x21,5 см. Диаметр фишки: 3 см. Материал: картон, пластик.
399 руб
Раздел: Пластмассовая

Комод четырехсекционный "Орнамент" (белый/мраморный).
Комод поможет вам поддерживать порядок и сделает интерьер уютнее. В нём найдётся место для канцтоваров, игрушек, сувениров, текстиля и
1302 руб
Раздел: Комоды

97. Борьба с компьютерными вирусами

98. Имитационное моделирование компьютерных сетей

99. Отчет по производственной практике в Вычислительном центре УГМТУ (Компьютерные сети. Классификация компьютерных сетей)