Библиотека Рефераты Курсовые Дипломы Поиск
Библиотека Рефераты Курсовые Дипломы Поиск
сделать стартовой добавить в избранное
Кефирный гриб на сайте www.za4et.net.ru

Компьютеры, Программирование Компьютеры, Программирование

Визуализация генов: методы и проблемы

Брелок LED "Лампочка" классическая.
Брелок работает в двух автоматических режимах и горит в разных цветовых гаммах. Материал: металл, акрил. Для работы нужны 3 батарейки
131 руб
Раздел: Металлические брелоки
Коврик для запекания, силиконовый "Пекарь".
Коврик "Пекарь", сделанный из силикона, поможет Вам готовить вкусную и красивую выпечку. Благодаря материалу коврика, выпечка не
202 руб
Раздел: Коврики силиконовые для выпечки
Горшок торфяной для цветов.
Рекомендуются для выращивания крупной рассады различных овощных и цветочных, а также для укоренения саженцев декоративных, плодовых и
7 руб
Раздел: Горшки, ящики для рассады

Поскольку наши способности генерирования последовательностей данных продолжают расти, анализ данных, генерирование данных является лимитирующей стадией в области геномики. Здесь мы предлагаем руководство по визуализации данных, геномные средства, которые облегчают анализирование задач и позволяют исследовать, изучать, толковать и управлять своими данными, а в некоторых случаях выполнять вычисления мгновенно. Мы будем обсуждать графические методы, предназначенные для анализа de ovo последовательностей и считывания выравнивания, геномного просмотра в будущем. Изучение геномов в значительной степени позволило говорить о геномике, как о цифровой науки, и сделало возможным с появлением технологии секвенирования, выявлять геномные последовательности для нуклеотидного анализа. Появление обширных данных о геномной последовательности ресурсов открыло новый интерфейс компьютерной науки, которая используется в таких областях как биоинформатика и предоставляет возможности решения биологических задач с помощью вычислений. Последние инновации в области технологии секвенирования обеспечивают беспрецедентную способность для генерации данных. Сейчас более чем когда-либо нам необходимы интуитивные и оперативные данные исследований для анализа. Хотя множество геномных анализов для данных задач могут быть выполнены с помощью автоматических процессов, но некоторые действия еще по-прежнему требуют человеческих суждений и часто с ограниченной скоростью. Визуализация может усилить наши способности рассуждать о сложности данных, тем самым повышая эффективность ручного анализа. В некоторых случаях, соответствующее изображение дает очевидное решение. Учитывая важность человеческих интерпретаций в особенности на ранних этапах гипотезы поколений биологических исследований, визуальные средства могут также стать ценным дополнением к автоматизированным вычислительным методам и позволяют получать нам научное понимание о крупных геномных наборах данных. Визуальные и автоматизированные подходы являются особенно мощным средством, когда используются в сочетании, например, пользователь может легко контролировать и проводить расчеты по этим данным, многократно их, уточняя и анализируя. Одна из проблем при разработки визуальных средств состоит в принятии решения графического представления по существу, т.е. как данные кодируются по цветам, форме или преобразованы на различных уровнях. Выбор представления может либо помогать, либо мешать возможностям для пользователей к интерпретации данных и в идеале должен быть разработан так, чтобы облегчить анализ задачи. Например, перестройку генома можно более легко представить как дуги на кругу, чем на линии. Геномные данные, взятые, с различных источников при использовании различных методов сопровождаются экспериментальными погрешностями. Важно, что визуально представлены и зафиксированы эти технические неопределенности и любые несоответствия. Существует также значительное биологическое различие между индивидуумами, которые необходимо отличать от технических изменений описанных выше. К дополнению к задачам выбора соответствующего визуального представления, некоторые виды первичных данных не представлены из-за чрезмерных требований хранения в сети и позволяют в режиме реального времени взаимодействовать с большими наборами данных, которые являются нетривиальными.

Этот обзор приводит примеры трех основных пользовательских задач:1)анализ последовательности данных, как в контексте сборки заново и рессеквенирование экспериментов; 2)просмотр аннотаций и сопоставление экспериментальных данных со ссылкой геномов, и наконец, 3)сравнения последовательностей из разных организмов или отдельных индивидуумов. Методы визуализации в этих областях находятся на разных стадиях развития, и мы будем обсуждать их преимущества и недостатки. Одним из важных моментов является то, что область геномики быстро развивается. Хотя мы пытались обеспечить руководство по методам в этой области, но вполне вероятно, что новые инструменты и форматы данных появятся, в самом ближайшем будущем и мы обсудим некоторые из соответствующих проблем. Мы призываем читателей, принять во внимание ресурсы онлайн, такие как SEQa swer , где описаны наиболее современные средства развития. Визуализация секвенирования данных Интерпретация первичных данных из машинного секвенирования начинается с автоматизированной обработки данных. База вызова и качество расчетов следует в случае последовательной сборки геномов или считывания регулировки по ссылке в случае рессеквенирования. Последние инновации в технологии секвенирования сопровождались ростом новой сборки и согласованию программ, чтобы справится с более короткими длинами считывания и большим числом операций считывания (для обзоров см.раб.1,2), но стандартов не было достигнуто. Для некоторых задач анализ визуальной проверки ценен в толковании и проверке автоматизированных мероприятий, им можно управлять с помощью как биологического, так и алгоритмического пути. Например, выявление автоматизированного однонуклеотидного полиморфизма на основе данных секвенирования остается незавершенным, и визуальный осмотр используется до сих пор для оценки отдельных случаев и для биологических результатов и технических наблюдений, которые могут быть использованы для улучшения прогнозирования алгоритма. В этом разделе говорится о сообщениях, которые освещают графические средства для анализа последовательности. Визуализация выравнивания Анализ узлов и считывания выравнивания часто предусматривает анализ последовательности собственно считывания, а все средства, перечисленные в таблице 1, обеспечивают осмотр унифицированных считываний основ. Считывание последовательности, как правило, предоставлено в виде строки, происходит горизонтально слева направо и укладывается вертикально. В случае ассемблирования, пользователь может сканировать считыванием из стека соответствующего столбца. Основное свойство часто идентифицируется с градацией серого и основывается на противоречии с согласованием, придающим особое значение цветам. Некоторые инструменты минимизировали визуальные помехи, в стеке считывания выделяя только противоречия и скрывая все последовательные пары оснований (например, программа интегративной геномики, Национальный центр биотехнологической информации, просмотр программы архива ассамблеи, выравнивание текста в программе просмотра SAM ools). Большинство средств, построенных до появления следующего поколения последовательности, продолжают оказывать поддержку визуализации основных первичных данных для Сэнгер считывания отдельных следов просмотра.

Например, в популярной программе Co sed «след» окна может быть запущен из «соответствующего окна» и движение курсора синхронизируется. Этот режим позволяет пользователю проверять позиции конфликтующих баз и выявляет источник неопределенности в рамках первичных следов напрямую. В значительной степени GS данные изменились настолько, что пользователь сможет оценить неопределенность основных консенсусов. Например, Co sed позволяет пользователю проверять недоработанную Рош 454 последовательности данных, а в случае Illumi a и Applied Biosys ems обеспечивает надежность информации, в случае если нет недоработанных следов считывания, а есть только данные в виде изображения (Подробная информация об этих технологиях секвенирования рассматривается в другом месте). Co sed и аналогичные программы не отображают первичные изображения данных, в частности потому, что их большие размеры делают их слишком дорогими для того, чтобы хранить их в сети, а также медленно отображаются на экране Однако высокая скорость считывания, граничащая с генерированием GS часто, облегчает, возможность пристально изучать какое-либо считывание. Пользователь может обнаруживать или вычислять одно подозрительное основание на протяжении одного считывания , сравнивать с соответствующим основанием в других считываниях выравнивания размещенных в других местах. Устройство вывода автоматического секвенирования собирает незавершенные программы и повторяет место считывания, считывая на расстоянии. Следующий шаг «завершения» включает в себя исключение пробелов, исправление неправильно собранных и возможность исправления ошибок согласованных основных компонентов. Специализированная обработка программного обеспечения упрощает этот процесс за счет автоматизации и позволяет пользователю выполнять вышеперечисленные задачи. В некоторых случаях автоматической обработки достаточно, например, в исполнении Au ofi ish, так как эта программа, рассматривает выход собраний программ и предлагает введение лабораторных данных (например, специфических праймеров для ПЦР). Тем не менее, в других ситуациях ручной проверки и редактирования необходимо к дополнению по автоматизации пробелов Co sed и коммерчески доступных Seque cher (ген кодирующая корпорация) и Laserge e (D AS AR) широко использовать обрабатывающие программы, которые предоставляют богатые функциональные возможности редактирования и отслеживания истории и позволяют пользователю отдельно, вручную присоединяться к соседнему, что отличает их от статистического выравнивания программ просмотра, которые нельзя редактировать (таблица 1). В большинстве последовательностей протоколов диапазон размеров фрагментов генома неизвестно. Последовательность считывания, получена из разных концов одного и того же источника геномного фрагмента («математической пары»), поэтому предполагаем интервал («вставить размер») и полагаем ориентацию (1 верхняя нить считывания и одна нижняя нить считывания). Одна из пар, которая нарушают эти пространственные ограничения, может быть использована для выявления несобранных, а одна из последовательных пар может быть использована для их присоединения.

Таким же образом складывалась судьба порошковой металлургии, в которой, как говорят знатоки, мы были пионерами. Начали с производства равных количеств, а пришли к тому, что в Соединенных Штатах порошков производится в десятки раз больше, чем у нас. И на эту тему был разговор на Секретариате ЦК еще при М.А. Суслове. Он бурно возмущался тем, что после войны этот вопрос рассматривался Центральным Комитетом десять раз, а воз и ныне там. Кончилось, однако, еще одним постановлением. И уже тогда, наблюдая эту сцену, нельзя было не подивиться: как же так, неужели "они" не понимают, что если десяти постановлений (причем первые принимались еще при Сталине) оказалось недостаточно, значит, таким методом проблема просто не решается, значит, нужно не грозить карами, а искать способ экономически заинтересовать предприятия и министерства в распространении порошковой металлургии. К такому выводу и пришел Горбачев после первых неудач с форсированием технического прогресса. Начав с законов о государственном предприятии и кооперативах, он вскоре заключил, что паллиативы не годятся, нужна глубокая экономическая реформа

1. Средства визуализации изображений в компьютерной томографии и цифровых рентгенографических системах

2. Основные направления и методы совершенствования учета денежных средств в иностранной валюте

3. Приближенный метод решения интегралов. Метод прямоугольников (правых, средних, левых)

4. Аспектно-ориентированные методы в управлении информационными потоками баз данных ДП АСУТП

5. Методи та засоби зменшення обсягів даних тріангуляційного опису об’єктів комп’ютерної томографії

6. Метод ортогонализации и метод сопряженных градиентов
7. Графический метод и симплекс-метод решения задач линейного программирования
8. Технические средства обработки данных

9. Визуализация численных методов

10. Зажигательные смеси, состав, средства применения и доставки, вызываемые повреждения, методы лечения и защиты

11. Использование криминалистических средств и методов в установлении лица совершившего преступление

12. Методы и средства контактных электроизмерений температуры

13. Приборное изучение воздействий естественных магнитных полей на бат человека: методы, средства, результаты

14. Генно-инженерные методы как новый биотехнологический подход в аграрном секторе США

15. Н. Макиавелли о методах и средствах политики

16. Характеристика основных средств и методов психологического воздействия на людей

Письменные принадлежности "Набор первоклассника", 28 предметов.
В наборе: акварель, альбом для рисования, блокнот, доска для лепки, 2 карандаша чернографитных, карандаши цветные, картон цветной формата
688 руб
Раздел: Наборы канцелярские
Игра магнитная "Одевашки. Лиза".
Это магнитная история про то, как одеть куклу Лизу. Она простая, но при этом очень увлекательная и не вызовет сложности у ребенка старше
343 руб
Раздел: Бумажные куклы
Прыгунки "три в одном" (прыгунки - тарзанка - качели).
Это базовая модель прыгунков. Амортизатор пружинный, крепление в одной точке. О детских прыгунках: К пяти месяцам ребенок уже очень
710 руб
Раздел: Прыгунки, вожжи

17. Метод проектов как средство реализации личностно ориентированного подхода при изучении иностранных языков

18. Физические качества человека. Средства и методы их воспита-ния.

19. Моделирование содержания и структуры тренировочного процесса (в том числе средств, методов и динамики нагрузок)

20. К проблемам выбора перспективных направлений в использовании нетрадиционных методов и средств физической культуры

21. Учет амортизации (износа) основных средств и методы ее исчисления в условиях рынка

22. Методы и средства пожаротушения
23. Распределение сил, средств, ресурсов на избранном направлении их применения. Основы метода обоснования распределения
24. Методы и средства военной гидрографии

25. Методы обработки корневых каналов зубов с применением современных медикаментозных средств при лечении периодонтита

26. Методы и средства защиты от вибрации

27. Методы и средства радиационно-технологического контроля при сортировке твердых радиоактивных отходов

28. Учет амортизации основных средств в организации и методы ее начисления: бухгалтерский и налоговый аспекты (на примере ООО "Орбита-4")

29. Административно-правовые методы выявления и предупреждения незаконного оборота наркотических средств

30. Компьютерные вирусы. Методы и средства защиты

31. Методы и средства защиты информации в сетях

32. Выбор метода конструирования и документирования электронных средств

Сейф-книга Alparaisa СС0072/1 "Вокруг света", 17х11х5 см.
Размеры: 17х11х5 см. Бокс-сейф в виде книги для хранения мелких ценных вещей. Встроенный замок, запирающийся на ключ. Аксессуары: ключ - 2 штуки.
572 руб
Раздел: Копилки
Магнитный конструктор 3D из 20 деталей.
Магнитный конструктор из 20 квадратов и треугольников различных ярких цветов порадует Вашего ребенка. Изготовлен из высококачественного
997 руб
Раздел: Магнитные и металлические конструкторы
Набор маркеров для досок "E-361", 1 мм, 8 цветов.
Маркеры для написания и маркировки текста на белых досках. Стирается сухой губкой почти со всех плотных поверхностей, например, эмали,
592 руб
Раздел: Для досок

33. Методы и средства защиты информации

34. Классификация средств и методов стимулирования и реализации продукции формы краткосрочного стимулирования

35. Методы оценки и отбора идей нового продукта

36. Физико-химических методы анализа лекарственный средств

37. Проблема повышения биодоступности лекарственных средств методами нанофармакологии. Фармакокинетика липосомальных препаратов

38. Игровые методы обучения при изучении органической химии как средство повышения познавательной активности и качества знаний
39. Принципы, методы и средства обучения с позиции православной педагогики
40. Специфика задач, средств и методов обучения игре в волейбол на учебно-тренировочных занятиях с детьми 13-15 лет

41. Методы и средства снижения потерь нефти и нефтепродуктов

42. Принципы, средства и методы закаливания

43. Физико-химические методы определения остаточных концентраций хлорорганических пестицидов в продуктах питания

44. Учет амортизации основных средств и методы ее начисления

45. Метод конечных элементов

46. Изучение миксомицетов среднего Урала, выращенных методом влажных камер

47. Методы исследования в цитологии

48. МЕТОДЫ ИЗУЧЕНИЯ ЭВОЛЮЦИИ ЧЕЛОВЕКА

Бутылочка для кормления "Avent" Natural (260 мл).
Уникальная эргономичная форма позволяет комфортно держать бутылочку в любом положении. Инновационный двойной клапан эффективно снижает
481 руб
Раздел: Бутылочки
Ранец ортопедический "Kitty", цвет розовый.
Ранец с ортопедической спинкой. Компактная обтекаемая форма. Крышка из износостойкой искусственной кожи! Широкие удобные лямки
3295 руб
Раздел: Без наполнения
Подставка для бумажных полотенец "Mayer & Boch", 32 см.
Высота: 32 см. Материал: дерево (бамбук).
387 руб
Раздел: Крючки, держатели для полотенец, доски для записок

49. Методологическое значение сравнительного метода в зоологических исследованиях

50. Метод радиоавтографии в биологии

51. Статистика населения. Методы анализа динамики и численности и структуры населения

52. Методы и модели демографических процессов

53. Гидрохимический, атмохический и биогеохимический методы поисков

54. Добыча золота методами геотехнологии
55. Государственное регулирование экономики: формы и методы
56. Сущность, методы и формы государственного регулирования внешнеэкономической деятельности Российской Федерации

57. Нелегальная миграция в России и методы борьбы с ней

58. Предмет и метод гражданского права

59. Предмет, метод и система гражданского процессуального права /Украина/

60. Корпорация BBC. Формы и методы государственного контроля вещания

61. Формы и методы выхода предприятий на внешний рынок

62. Финансовый контроль: формы, методы, органы

63. Эффективные методы изучения иностранных языков

64. Метод действенного анализа в режиссуре театра, кино и телевидения

Дозатор для жидкого мыла сенсорный "Dettol (Детол)" + картридж "Зеленый чай и имбирь".
Дозатор для жидкого мыла Dettоl (сенсорный + кaртридж) представляет собой автоматическую сенсорную систему, обеспечивающую вакуумное
462 руб
Раздел: Настольные
Таблетки для посудомоечных машин "Paclan Brileo. Classic", 110 штук.
Таблетки обладают отличным моющим действием за счет входящих в состав "умных" энзимов (амилазы и протеазы). Отлично моют посуду,
690 руб
Раздел: Для посудомоечных машин
Конструктор 3 в 1 "Лесные сказки", 35 деталей.
Игровые наборы-конструкторы из дерева серии «Сказки» познакомят детей с героями детских сказок, подарят много часов увлекательных
479 руб
Раздел: Деревянные конструкторы

65. Соцреализм как метод искусства

66. Дидактические возможности отдельных методов обучения на уроках литературы в старших классах

67. Методы изучения музыкальных произведений крупной формы в старших классах общеобразовательной школы

68. Цивилизационные методы в изучении истории

69. Методы компьютерной обработки статистических данных

70. Решение транспортной задачи методом потенциалов
71. Решение дифференциальных уравнений 1 порядка методом Эйлера
72. Разработка методов определения эффективности торговых интернет систем

73. Метод Дэвидона-Флетчера-Пауэлла

74. Защита информации от несанкционированного доступа методом криптопреобразования /ГОСТ/

75. Методы прогнозирования основанные на нейронных сетях

76. Модифицированный симплекс-метод с мультипликативным представлением матриц

77. Методы приобретения знаний в интеллектуальных системах

78. Билеты, решения и методичка по Информатике (2.0)

79. Вычисление определённого интеграла с помощью метода трапеций на компьютере

80. Интегрирование методом Симпсона

Этикетка самоклеящаяся, А4, 1 этикетка, 210х297 мм, белая, 100 листов.
Размер этикетки: 210х297 мм. 1 этикетка на листе А4. Плотность бумаги: 70 г/м2. Верхнее и нижнее поле (отступ от края листа до этикетки):
660 руб
Раздел: Бейджи, держатели, этикетки
Игровой набор "My Little Pony. Мерцание". Пинки Пай.
Игровой набор "Мерцание" из серии "Май Литл Пони" от популярного бренда Hasbro представляет собой всеми любимую
2018 руб
Раздел: Игрушки
Фоторамка на 7 фотографий С31-017 "Alparaisa", бронзовый, 43x42,5 см.
Размеры рамки: 43х42,5 cм. Размеры фото: - 10х15 см (3 штуки), - 15х10 см (1 штука), - 9х9 см (3 штуки). Фоторамка-коллаж для 7-ми
586 руб
Раздел: Мультирамки

81. Защита цифровой информации методами стеганографии

82. Компьютерный файлово-загрузочный полиморфный стелс-вирус ONEHALF 3544, особенности алгоритма и методы борьбы с ним

83. Система поддержки принятия маркетинговых решений в торговом предприятии на основе методов Data Mining

84. Применение метода частотных диаграмм к исследованиям устойчивости систем с логическими алгоритмами управления

85. Лабораторная работа №2 по "Основам теории систем" (Решение задач линейного программирования симплекс-методом. Варианты разрешимости задач линейного программирования)

86. Численные методы. Двойной интеграл по формуле Симпсона
87. Численные методы
88. Метод Зойтендейка

89. Метод конечных разностей или метод сеток

90. "Комплект" заданий по численным методам

91. Аксиоматический метод. Логическое строение геометрии

92. Расчет дифференциального уравнения первого, второго и третьего порядка методом Эйлера

93. Сетевые методы в планировании

94. Вычисление интеграла фукции f (x) (методом Симпсона WinWord)

95. НАХОЖДЕНИЕ ВСЕХ ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫХ КОРНЕЙ АЛГЕБРАИЧЕСКОГО МНОГОЧЛЕНА МЕТОДОМ ДЕЛЕНИЯ ОТРЕЗКА ПОПОЛАМ (БИСЕКЦИИ) И МЕТОДОМ ХОРД И КАСАТЕЛЬНЫХ С УКАЗАННОЙ ТОЧНОСТЬЮ И УЧЕТОМ ВОЗМОЖНОЙ КРАТНОСТИ КОРНЕЙ

96. РЕШЕНИЕ СИСТЕМ ЛИНЕЙНЫХ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫХ УРАВНЕНИЙ ПЯТИТОЧЕЧНЫМ МЕТОДОМ АДАМСА – БАШФОРТА

Сменная кассета "Барьер 6", для жесткой воды, для всех типов фильтров "Барьер".
Кокосовый активированный уголь очищает от активного хлора, органических загрязнений и т.д. Обработка активированного угля серебром
354 руб
Раздел: Фильтры для воды
Защита "Карапуз" для автомобильного кресла от детских ножек, с карманами.
Во время поездки в автомобиле дети иногда могут пачкать грязью, остающейся на ботинках, заднюю сторону кресел. Защита - это
323 руб
Раздел: Автомобильные коврики
Набор мебели для каминной комнаты "Коллекция".
Красивая игрушка помогает ребенку развить свою фантазию, воспитывает художественный вкус. Кукольная мебель помогает развить
715 руб
Раздел: Гостинные

97. Вычисление интегралов методом Монте-Карло

98. Построение решения задачи Гурса для телеграфного уравнения методом Римана

99. СИНГУЛЯРНОЕ РАЗЛОЖЕНИЕ В ЛИНЕЙНОЙ ЗАДАЧЕ МЕТОДА НАИМЕНЬШИХ КВАДРАТОВ


Поиск Рефератов на сайте za4eti.ru Вы студент, и у Вас нет времени на выполнение письменных работ (рефератов, курсовых и дипломов)? Мы сможем Вам в этом помочь. Возможно, Вам подойдет что-то из ПЕРЕЧНЯ ПРЕДМЕТОВ И ДИСЦИПЛИН, ПО КОТОРЫМ ВЫПОЛНЯЮТСЯ РЕФЕРАТЫ, КУРСОВЫЕ И ДИПЛОМНЫЕ РАБОТЫ. 
Вы можете поискать нужную Вам работу в КОЛЛЕКЦИИ ГОТОВЫХ РЕФЕРАТОВ, КУРСОВЫХ И ДИПЛОМНЫХ РАБОТ, выполненных преподавателями московских ВУЗов за период более чем 10-летней работы. Эти работы Вы можете бесплатно СКАЧАТЬ.