Библиотека Рефераты Курсовые Дипломы Поиск
Библиотека Рефераты Курсовые Дипломы Поиск
сделать стартовой добавить в избранное
Кефирный гриб на сайте www.za4et.net.ru

Компьютеры, Программирование Компьютеры, Программирование     Программное обеспечение Программное обеспечение

Построение 3D-моделей нециклических молекул в естественных переменных

Браслет светоотражающий, самофиксирующийся, желтый.
Изготовлены из влагостойкого и грязестойкого материала, сохраняющего свои свойства в любых погодных условиях. Легкость крепления позволяет
66 руб
Раздел: Прочее
Крючки с поводками Mikado SSH Fudo "SB Chinu", №4BN, поводок 0,22 мм.
Качественные Японские крючки с лопаткой. Крючки с поводками – готовы к ловле. Высшего качества, исключительно острые японские крючки,
58 руб
Раздел: Размер от №1 до №10
Горшок торфяной для цветов.
Рекомендуются для выращивания крупной рассады различных овощных и цветочных, а также для укоренения саженцев декоративных, плодовых и
7 руб
Раздел: Горшки, ящики для рассады

Е.Г. Атавин, В.О. Тихоненко, Омский государственный университет, кафедра органической химии 1.  Введение По мере накопления химической информации роль данных о пространственном геометрическом строении молекул возрастает. Устанавливать его можно как экспериментальными, так и теоретическими методами, а описывать принято либо в декартовой системе координат, либо в естественных (внутренних, молекулярных) переменных. Первый способ предполагает знание 3 декартовых координат атомов, позволяет легко строить графическое изображение молекулы, вычислять значения всех естественных переменных и используется в большинстве современных программ квантовой механики, молекулярной механики и колебательной спектроскопии. Однако произвол в выборе положения начала координат и ориентации координатных осей затрудняет сравнение результатов, полученных разными авторами. Кроме того, наличие у молекулы трех поступательных и трех вращательных степеней свободы приводит к появлению шести нулевых собственных значений у матрицы вторых производных энергии по координатам и к дополнительным осложнениям вычислительного характера . Наконец, само задание декартовых координат атомов - нетривиальная задача, поскольку они не являются справочными данными. Описание (и анализ) геометрического строения в естественных переменных (ниже - межъядерные расстояния R, валентные углы , ,  и углы внутреннего вращения , F) проще, поскольку задание их не представляет проблемы и менее зависит от произвола исследователя, благодаря имеющимся эмпирическим закономерностям . При оптимизации геометрии молекулы можно упрощать задачу, фиксируя значения хорошо известных параметров. Легко организовать поиск глобального минимума энергии путем перебора допустимых значений всех или некоторых параметров. При работе же с декартовыми координатами реализация этих возможностей сопряжена со значительными трудностями. Однако непосредственно по значениям естественных переменных невозможно в общем случае построить графическое изображение молекулы. Также затруднительно выполнять любые вычислительные операции с моделью молекулы, например, определять вандерваальсовые расстояния между атомами. Таким образом, оба способа описания молекулярной геометрии обладают рядом практически важных достоинств и весьма существенных недостатков. Совмещение достоинств достигается вычислением декартовых координат атомов по заданным естественным переменным, что представляет собой в общем случае весьма громоздкую стереометрическую задачу. Цель настояшей работы и состоит в рассмотрении алгоритмов вычисления декартовых координат атомов по заданным естественным переменным то есть построения 3D-моделей молекул. 2.  Метод Эйринга Обычно систему координат связывают с положением первых трех атомов (рис. а), координаты которых, таким образом, определяются по формулам: x1 = R12 cos, x2 = 0, x3 = R23 y1 = R12 si , y2 = 0, y3 = 0 (1) z1 = 0, z2 = 0, z3 = 0 Легко также вычислить координаты четвертого атома: x4=x3-R34cos y4=R34si cos (2) z4=R34si si  Рис.

1. Ориентация молекулы в системе координат Далее, построенный фрагмент с помощью переноса и двух поворотов переводится в положение, показанное на рис. 1б. xi = xi-x3, yi = yi - y3 , zi = zi - z3 yi = yi cos zi si  zi = zi cos- yi si  xi = xi cos- yi si  yi = yi cos xi si  (i - номера всех ранее построенных атомов), что дает возможность вычислить координаты следующего атома по формулам (2) и т.д. Общее число умножений и делений при построении модели -атомной молекулы растет квадратично и составляет 6 4 ·( -4) операций. 3.  Алгоритм построения моделей больших молекул В предлагаемом алгоритме отсутствуют многократные переносы и вращения ранее построенных фрагментов, новые атомы встраиваются в растущую цепь непосредственно, без ее предварительной переориентации,что, помимо увеличения быстродействия, более благоприятно с точки зрения устойчивости вычислительной схемы к накоплению ошибок округления. Координаты первых четырех атомов вычисляются по формулам (1, 2). Выбираются три атома A, B, C с найденными координатами (Xi,Yi ,Zi ), где i = a, b, c . Переносим систему координат в точку опорного атома B: Xi = Xi -Xb, Yi = Yi -Yb, Zi = Zi -Zb Вычисляем координаты атомов A, B, C и пристраиваемого атома D во вспомогательной системе координат по формулам (1, 2). Полученные координаты связаны ортогональным преобразованием  A X = a11 x a12 y a13 z, Y = a21 x a22 y a23 z, Z = a31 x a32 y a33 z, элементы которого для случая собственного вращения (De (A) = 1) удается выразить следующим образом: a11 = Xc/xc, a12 = (Xa-a11xa )/ya , a21 = Yc/xc, a22 = (Ya-a21xa )/ya , a31 = Zc/xc, a32 = (Za-a31xa )/ya , a13 = a21a32-a31a22 a23 = a31a12 -a11a32, a33 = a11a22-a21a12 (случай хc = Rbc = 0 в молекулах не встречается; случай уa = Rab si  = 0 возникает в производных ацетилена и легко исключается выбором в качестве атомов A, B и C другого, нелинейного фрагмента). Лишь три из девяти матричных элементов aij независимы. Справедливость связывающих их условий, накладываемых ортогональностью линейного преобразования А, может быть проверена непосредственно. Координаты атома D (xd , yd , zd ) преобразуются в исходную систему координат:     Xd Yd Zd     = A ·     xd yd zd         Xb Yb Zb     и процесс повторяется с пункта 2 до полного построения модели. Общее число умножений и делений растет линейно и может быть уменьшено до 6 27·( -4) операций. Отношение числа операций в алгоритме Эйринга и в предлагаемой схеме близко к /7, превышает единицу уже для семиатомных цепей, а для молекул большого размера оказывается весьма значительным. Отметим, что матрица A является общей для различных атомов D, что, в частности, значительно ускоряет вычисление координат атомов водорода. 4.  Метод Нордландера Вместо линейного преобразования А переход от вспомогательной системы координат к системе, связанной с молекулой, можно осуществить с помощью трех последовательных вращений вокруг координатных осей.

Однако соответствующие формулы выглядят существенно более громоздко, требуют постоянного выбора оптимального решения из разных вариантов последовательностей вращений и требуют не менее 6 55·( -4) операций умножения и деления и 3·( -4) операций извлечения корня. 5.  Метод Эдди Весьма эффективным является алгоритм , использующий тот факт, что координаты атома D легко выражаются через направляющие косинусы связи CD. Последние связываются с направляющими косинусами двух предыдущих связей и структурными параметрами.Число умножений и делений составляет 8 36·( -4) операций. Приходится хранить дополнительно 3·( -2) значений косинусов. 6.  Разветвленные цепи Методика построения боковых цепей не отличается от построения главной цепи, необходимо лишь соответствующим образом задавать последовательности опорныx атомов A, B, C и молекулярных параметров. Известно, однако, Рис. 2. Построение боковых цепей что точность задания торсионных углов по справочным данным на порядок ниже, чем валентных, и значительно более точное описание взаимного расположения связей 3-4 и 3-5 узлового атома 3 (рис. 2) достигается заданием не двух торсионных углов 1234 и F1235, а одного торсионного 1234 и одного валентного 435 (помимо обязательных для обоих вариантов валентных углов 234 и 235) . Вычислить требуемый торсионный угол F можно из соотношений: cosF = cosC si S            , si F = si C - cosS,  где С = (cos- coscos)/(si si ), S =    1 - C2   . Выбор знака или - определяется желаемой (L или D) конфигурацией узлового атома. В особом случае разветвления у второго атома (например в изобутане) для определения угла F удобно ввести в качестве опорного атома А вспомогательный атом с координатами Xа = X1 X2-X3, Yа = Y1 Y2-Y3, Zа = Z1 Z2-Z3. Тогда  = 180, cosF = - С, si F = S. Список литературы Hilderbra d R.L. Applica io of ew o -Raphso op imiza io ech iques i molecular mecha ics calcula io s// Compu ers & Chemis ry 1977 V. 1. P. 179-186. Mas ryukov V.S., Simo se S. H. Empirical correla io s i s ruc ural chemis ry // Molecular S ruc ure Research. 1996. V. 2. P. 163-189. Дашевский В.Г. Конформационный анализ органических молекул М.: Химия, 1982 . ordla der J.E., Bo d A.F., Bader M. A coor: a program for calcula io a d u iliza io of molecular a omic coordi a es from bo d parame ers// Compu ers & Chemis ry. 1985. V. 3. P. 209-235. Eddy C. R., Compu a io of he Spa ial Loca io s of A oms of a Chai Molecule U dergoi g I ramolecular Ro a io s// J. Chem. Phys. 1963. V. 38. P. 1032-1033. Зенкин А.А. Алгоритмы построения 3D-моделей молекулярных систем // Тезисы IX Всесоюзной конференции ;Химическая информатика; Черноголовка. 1992. Ч. 1. С. 8.

Очень сомнительно, однако, что Конгресс позволит вооруженным силам бездействовать, в то время как противник будет атаковать Гавайи, Панаму, Аляску. Поэтому новые авианосцы придется вводить в бой "по мере готовности" – с очевидным результатом. В любом случае потеря Мидуэя ставит США перед реальной перспективой затяжной и очень дорогостоящей войны, которая даже в случае конечной победы дорого обойдется американской экономике. Можно ли быть уверенным в том, что деловые круги страны не окажут на правительство давление в пользу компромиссного мира на приемлемых условиях? Геополитика Тихоокеанской войны 1941-1945 гг. До продажи Аляски весь регион находился в полном распоряжении России, что обеспечивало стране идеальные стартовые условия в предстоящей борьбе за Тихий океан, правда, лишь при наличии достаточной транспортной связности района с европейской Россией. После утраты «Русской Америки» в Беринговом море возник стратегический баланс, который благополучно пережил все мировые войны и просуществовал до распада СССР: две симметричные базы, расположенные всего в 1.250 милях друг от друга, то есть в масштабах Тихого океана очень близко, – Петропавловск и Датч-Харбор – нейтрализовывали друг друга Великая война на Тихом океане интересна во многих отношениях: она иллюстрирует устойчивость геополитических задач, прочность установившихся позиций, диалектику морской/воздушной и сухопутной войны, логику борьбу за связность, блеск и нищету стратегии, построенной на модели «естественных границ», неумолимость «транспортной теоремы»

1. Построение verilog-модели ber-тестера для проверки каналов связи телекоммуникационных систем

2. Развитие логического мышления младших школьников при обучении построению вспомогательных моделей в процессе решения текстовых задач

3. Построение экономической модели с использованием симплекс-метода

4. Построение экономической модели c использованием симплекс-метода

5. Построение геологической модели и прогнозного разреза

6. 3D-модель и сборочный чертёж с применением SolidWorks планки МТМ80-3100030СБ
7. Построение параметрической модели детали в среде программирования
8. Построение эконометрической модели

9. Построение регрессионной модели

10. Построение информационной и даталогической моделей данных

11. Овладение методикой построения экономико-математических моделей, решение конкретных задач по стратегическому планированию и прогнозированию

12. К построению качественной регрессионной модели этнической идентичности

13. Построение и использование имитационных моделей

14. Построение модели DFD и реализация в СУБД Visual FoxPro

15. Программная модель поиска глобального минимума нелинейных "овражных" функций двух переменных

16. Построение модели процесса настилания тканей

Подставка для книг "Brauberg", малая.
Предназначена для книг, учебников и журналов. Регулируемый угол наклона. Металлическая подставка. Держатель для страниц. Экономит место на
616 руб
Раздел: Подставки, лотки для бумаг, футляры
Сменный фильтр "Аквафор В-100-5", 2 штуки.
Модуль В100-5 содержит в оптимальном соотношении гранулы кокосового угля, ионообменные смолы и "ноу-хау" АКВАФОР - волокна
379 руб
Раздел: Фильтры для воды
Набор пробок для бутылок "Аристократ".
Набор пробок для бутылок - незаменимый аксессуар для хранения уже открытого вина, коньяка или шампанского. Он герметично закупорит любую
348 руб
Раздел: Аксессуары для вина

17. Кинетика замедленной флуоресценции органических молекул в Н.-парафинах при 77 К и ее математическая модель

18. Построение моделей развития России и направления ее реформирования

19. Основные этапы построения моделей

20. Математическая модель системы в переменных пространства состояний

21. Построение экономико-математических моделей

22. Модель большого взрыва и расширяющейся Вселенной
23. Затменно-переменные звёзды и возможности их наблюдений любителями астрономии
24. Регистрация сигнальных молекул

25. Модель экономического развития Южной Кореи на современном этапе

26. Проблема применения моделей устойчивого развития на региональном уровне

27. Шведская модель социальной экономики

28. Гидрогеология. Построение разреза по скважинам

29. Регулирование естественной монополии /тарифная политика в области электросвязи/

30. Российский опыт местного самоуправления: исторические модели и современное состояние

31. Понятие, структура и методики построения страховых тарифов

32. Структуры экономического дискурса во французском языке. Роль коннекторов в построении аргументации

Резак для бумаги с ковриком.
Обеспечивает аккуратный и ровный отрез бумаги, фотографий и плакатов. Подходит для формата А4 (максимальная длина реза 350 мм). Безопасен
1073 руб
Раздел: Ножи, ножницы, резаки
Фломастеры-кисти "Trendy", 12 цветов.
Набор фломастеров-кисточек. Предназначены для рисования на бумаге и картоне. В наборе: 12 цветов. Характеристики: - круглый пластиковый
342 руб
Раздел: 7-12 цветов
Сахарница с ложкой "Гуси", 660 мл.
Сахарница с ложкой прекрасно впишется в кухонный интерьер. Материал: доломит. Объем: 660 мл.
319 руб
Раздел: Сахарницы

33. Порождение текстов на естественном языке

34. Социально-экономическая модель цивилизации древних майя

35. "Вторая опора" ЕС: проблемы построения и подходы

36. Азиатская модель – сильные стороны

37. Национальное самосознание - главный фактор в построении могущественной и процветающей России

38. Построение локальной вычислительной сети подразделения организации под управлением операционной системы WindowsNT
39. Построение сетевого графика
40. Основы построения сетей

41. Модели TAKE-GRANT и их исследования

42. Состав и принципы построения ЭВМ

43. Принципы уровневой организации ЛВС (на основе модели OSI)

44. Построение систем распознавания образов

45. Разработка программы на языке LISP для построения кривых Серпинского i-го порядка

46. Построение формального языка L

47. Модель файловой системы FAT

48. Построение функции предшествования по заданной КС-грамматике

Мягкий пол универсальный, коричневый, 33x33 см (9 деталей).
Данный вид напольного покрытия прекрасно совмещается с ковриками-пазлами "Морские животные", "Листья" и
754 руб
Раздел: Прочие
Светильник "Лампочка на веревке", синий.
Оригинальный пластиковый светодиодный светильник на шнурке длиной 116 - 125 см. Достаточно дёрнуть за лампочку, чтобы включить либо
343 руб
Раздел: Необычные светильники
Трехколесный велосипед Funny Jaguar Lexus Racer Trike (цвет: серебро).
Детский трехколесный велосипед с колясочной крышей на колесах ПВХ – настоящее спасение для мам с маленькими детьми. Главное место для
3600 руб
Раздел: Трехколесные

49. Fox Pro - реляционная модель данных

50. ПОСТРОЕНИЕ ДИАГРАММ СРЕДСТВАМИ WORD И EXCEL

51. Разработка управляющей части автомата для сложения двух чисел с плавающей запятой в дополнительном коде с помощью модели Мура

52. Экстремумы функций многих переменных

53. Стохастическая диффузионная модель гетерогенных популяций

54. Построение графика функции различными методами (самостоятельная работа учащихся)
55. Интеграл по комплексной переменной. Операционное исчисление и некоторые его приложения
56. Решение задач на построение сечений многогранников

57. Естественное вскармливание

58. Макрофаги перитонеального экссудата как модель фагоцитоза и нарушений фагоцитарной активности

59. Принцип построения и опыт практической реализации экологических информационных систем

60. Основополагающие принципы андрагогической модели обучения: Оптимальные условия их применения

61. Педагогические модели образования

62. Оценка систем дистанционного образования (математическая модель)

63. Расчет электроприводов постоянного и переменного тока

64. Генераторы переменного тока

Счеты "Математика".
Благодаря такой интересной игрушке ребёнок очень быстро научится считать! Игрушка состоит из основания, таблички с примерами и 10-ти дуг с
819 руб
Раздел: Счетные наборы, веера
Подарочная расчёска для волос "Полина".
Стильная детская расчёска дарит радость и комфорт. Этот практичный аксессуар по достоинству оценят как маленькие модницы, так юные
372 руб
Раздел: Расчески, щетки для волос
Мягкий пол, универсальный, 60x60 см, бежево-коричневый.
Мягкое модульное универсальное покрытие, предназначенное для дома, детских игровых зон, торговых центров, спортивных залов и площадок
1043 руб
Раздел: Прочие

65. Построение характеристик непрерывных САУ

66. Модель теплового состояния аппарата сепарации

67. Изучение построения робототехнических комплексов для нанесения лакокрасочных материалов в мебельной промышленности

68. Практика построения логистических систем

69. Проектирование восьмиосной цистерны модели 15-1500

70. Типология К.Г. Юнга и модель информационного метаболизма аушры аугистинавичюте
71. Анализ операций умножения и деления в конкретной модели АЛУ
72. Разработка и исследование имитационной модели разветвленной СМО (системы массового обслуживания) в среде VB5

73. Моделирование как метод естествознания. Модель демографического взрыва

74. Социальная модель Дойча - взгляд каббалиста

75. Методы и модели демографического прогнозирования

76. МОДЕЛЬ ЯДРА АТОМА И ТАБЛИЦА ЭЛЕМЕНТОВ

77. Влияние вращательного и поступательного движения молекул на теплоёмкость многоатомных газов

78. Математические модели естествознания

79. "Молекулы мистики" и трансцендентация ЭГО: утрата и обретение целостности бытия

80. Проблемы построения искусственного интеллекта

Настольная игра "Звонго!".
"Звонго" – безумно притягательная игра! В маленькой яркой сумочке всё необходимое для звонкой игры: волшебная магнитная палочка
1262 руб
Раздел: Классические игры
Карта желаний "Dream&Do".
Карта желаний, которая поможет тебе визуализировать мечты и достигать задуманного. Это твой источник вдохновения и напутствий,
1860 руб
Раздел: Прочее
Ящик "Профи", 25 литров.
Ящик хозяйственный "Профи" из цветного пластика. Размер: 410х295х312 мм. Объем: 25 литров.
416 руб
Раздел: Более 10 литров

81. Комплексное исследование глобальных экологических проблем: от понятийного аппарата до модельных построений

82. Статья "Молекула Бензола в сильном лазерном поле" ([Статья])

83. МОДЕЛЬ ЯДРА АТОМА И ТАБЛИЦА ЭЛЕМЕНТОВ

84. Базовая модель Модильяни – Миллера

85. Зависимость национального дохода от капитальных затрат. Модель Леонтьева

86. Модели рекламного воздействия
87. Концепция построения системы управления Московского представительства японской корпорации
88. ТИПЫ ОРГАНИЗАЦИЙ, ПОСТРОЕНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ

89. Японская модель управления на рубеже ХХI века: традиционное и современное

90. Разработка стратегической модели на МП "Вельский хлебозавод"

91. Методология CCM (Capability Maturity Model for Software) – модель развития способности организации разрабатывать и сопровождать программные продукты) в менеджменте качества проектов

92. Исследование особенностей японской модели менеджмента

93. Модель разработки стратегии для ОАО "Аливария"

94. Регулирование естественных монополий

95. Современные модели управление образовательно-воспитательными учреждениями. Модели управления учреждениями (шпаргалка)

96. Японская модель экономики

Настольная игра "День вождей".
Детская активная игра для компании от 2 до 6 человек. Каждый ход игроки получают карточки с заданиями, которые надо выполнить. Если
1490 руб
Раздел: Игры-ходилки с фишками
Гамачок для купания.
Горка для купания (гамачок) для ванны 100 см служит для поддержки младенцев в ванночке. Ванночка с гамачком обеспечит комфортное принятие
349 руб
Раздел: Горки, приспособления для купания
Набор для уборки Vileda "Ultramat": швабра со сборной ручкой+ведро с отжимом.
Набор предназначен для влажной уборки всех типов напольных покрытий. Швабра отжимается в специальной воронке на ведре, благодаря чему руки
2210 руб
Раздел: Швабры и наборы

97. Диверсификация цен: сущность и современные модели

98. Принципы и модели ценообразования

99. Рынок ценных бумаг и его основные модели


Поиск Рефератов на сайте za4eti.ru Вы студент, и у Вас нет времени на выполнение письменных работ (рефератов, курсовых и дипломов)? Мы сможем Вам в этом помочь. Возможно, Вам подойдет что-то из ПЕРЕЧНЯ ПРЕДМЕТОВ И ДИСЦИПЛИН, ПО КОТОРЫМ ВЫПОЛНЯЮТСЯ РЕФЕРАТЫ, КУРСОВЫЕ И ДИПЛОМНЫЕ РАБОТЫ. 
Вы можете поискать нужную Вам работу в КОЛЛЕКЦИИ ГОТОВЫХ РЕФЕРАТОВ, КУРСОВЫХ И ДИПЛОМНЫХ РАБОТ, выполненных преподавателями московских ВУЗов за период более чем 10-летней работы. Эти работы Вы можете бесплатно СКАЧАТЬ.